Сейчас я делаю свои плагины из минимум двух файлов: собственно плагин и php файл, который выполняет функции плагина.

Мне кажется, что такая модель работы плагина наиболее оптимальна. Ну вот например я писал Внутренние ссылки на предыдущие записи - в том плагине функция замены внутренних ссылок вызывается всего один раз во время публикации записи. Согласитесь, что нет никакой необходимости каждый раз интерпретировать php код этой функции - вполне достаточно загрузить скрипт когда это потребуется. Я так и сделал: файл плагина в вызове хука загружает дополнительный скрипт, тем самым экономя время и память, когда нет публикации новых записей. Поскольку публикация записей происходит максимум несколько раз в день, то вы может представить себе, насколько было бы обременительно для системы каждая ненужная загрузка плагина.